叙述朱子思想，首先当提出其主要之两部分。一为其理气沦，又一为其心性论。理气论略当于近人所谓之宇宙论及形上学。心性论乃由宇宙论形上学落实到人生哲学上。
在北宋理学四大家中，二程于宇宙论形上学方面较少探究。濂溪横渠则于此有大贡献。但二程谓横渠《正蒙》下语多有未莹，朱子接受二程此番意见，其论理气，主要根据为濂溪之《太极图说》，而以横渠《正蒙》为副。
朱子论宇宙万物本体，必兼言理气。气指其实质部分，理则约略相当于寄寓在此实质内之性，或可说是实质之内一切之条理与规范。
朱子虽理气分言，但认为只是一体浑成，而非两体对立。此层最当深体，乃可无失朱子立言宗旨。朱子云：
天下未有无理之气，亦未有无气之理。
有是理，便有是气。
理未尝离乎气。
无理，将不能有气。但无气，亦将不见有理。故此两者，不仅是同时并存，实乃是一体浑成。
朱子把此说归纳之于濂溪之《太极图说》。故曰：
太极只是天地万物之理，但太极却不是一物，无方所顿放，故周子曰无极而太极。
又曰：
才说太极，便带着阴阳。才说性，便带着气。不带着阴阳与气，太极与性那里收附。然要得分明，又不可不拆开说。
把理气拆开说，把太极与阴阳拆开说，乃为要求得对此一体分明之一种方便法门。不得因拆开说了，乃认为有理与气，太极与阴阳为两体而对立。
理与气既非两体对立，则自无先后可言。但若有人坚要问个先后，则朱子必言理先而气后。故曰：
未有天地之先，毕竟也只是先有此理，便有此天地。若无此理，便亦无天地，无人、无物，都无该载了。
又曰：
先有个天理了，却有气。
有是理，便有是气，但理是本。
但朱子亦并不是说今日有此理，明日有此气。虽说有先后，还是一体浑成，并无时间相隔。惟若有人硬要如此问，则只有如此答。但亦只是理推，非是实论。
朱子又说：
阴静是太极之本。然阴静又自阳动而生。一静一动，便是一个辟阖。自其辟阖之大者推而上之，更无穷极，不可以本始言。
必要言天地本始，朱子似无此兴趣，故不复作进一步的研寻。太极即在阴阳之内，犹之言理即在气内。一气又分阴阳，但阴阳亦不是两体对立，仍只是一气浑成。若定要说阴先阳后，或阳先阴后，朱子亦并不赞评。
但既如此，为何定不说气先理后，理不离气，有了气自见理，大极即在阴阳里，有了阴阳也自见太极，因若如此说，则气为主而理为附，阴阳为主而太极为副，如此则成了唯气论，亦即是唯物论。宇宙唯物的主张，朱子极所反对，通观朱子思想大体自知。
但既曰理为本，又曰先理后气，则此宇宙是否乃是一唯理的，此层朱子亦表反对。朱子说：
佛氏却不说著气，以为此已是渣滓，必外此然后可以为道，遂至于绝灭人伦，外形骸，皆以为不足恤。
又曰：
事事物物上便有大本。若只说大本，便是释老之学。
又曰：
有一种人，思虑向里去，嫌眼前道理粗，于事物上都不理会，此乃谈玄说妙之病，其流必入于异端。
朱子之学，重在内外本末精粗两面俱尽，唯理论容易落虚，单凭虚理，抹杀实事，朱子亦不之许。
朱子又说：
说穷理，则似悬空无捉摸处。说格物，则只就那形而下之器，寻那形而上之道，便见得这个元不相离。
又曰：
人都把这道理作个悬空底物。大学不说穷理，只说格物，便是要人就事物上理会。
以上见朱子之宇宙论，既不主唯气，亦不主唯理，亦不主理气对立，而认为理事只是一体。惟有时不如此说，常把理气分开，谓：
在物上看，则二物浑沦不可分开。若在理上看，则虽未有物，而已有物之理。然亦但有其理，未尝实有是物。
此如今人说，未有飞机，先有飞机之理。人只能凭此理创此物，不能说为要创此物，同时却创此理。更不能说，必待先有了飞机才始有飞机之理。朱子又说：
且如万一山河大地都陷了，毕竟理却只在这里。
此如说飞机坏了，飞机之理尚在。但若没有飞机，那项飞机之理，究亦无处顿放，无处挂搭。所以理气当合看，但有时亦当分离开来看。分离开来看，有些处会看得更清楚。
理是一，气是多。理是常，气是变。没有多与变，便看不见一与常。但在理论上，究不能说只有多与变，没有一与常。纵使离开了多与变，此一与常者究竟还存在。但朱子又不许人真个离了多与变来认此一与常。似乎又不认多与变外还另有一与常。故说周子曰无极而太极，是他说得有功处。
朱子此项理气一体之宇宙观，在理学思想上讲，实是一项创见，前所未有。濂溪只讲太极与阴阳，此乃上承《易经·系辞》来。朱子换了两个新名辞，说理与气，说得更明白，更确切。如说物物一太极，究不如说物各有理更恰当。横渠《正蒙》说太虚与气，说太虚究亦不如说无极太极，较深允，较确切。故朱子理气论，只引据濂溪《太极图》，而对横渠《正蒙》一大清虚之说，则亦加以辨正。说虚字究不如说理字，但单说理字则仍是虚。濂溪言太极，亦不如朱子言理气之为恰当而明确。明道有言：吾学虽有所受，天理二字，却是自家体贴出来，此所谓之天理，多半似只当属于人生界。此下理学家多以天理人欲对称，此亦只指人心人事言，与朱子言理气之理，高下广狭有不同。因此说朱子理气论，实是一番创论，为其前周张二程所未到。但由朱子说来，却觉其与周张二程所言处处吻合。只见其因袭，不见其创造。此乃朱子思想之最伟大处，然亦因此使人骤然难于窥到朱子思想之真际与深处。
朱子解经极审慎，务求解出原书本义。但亦有时极大胆，极创辟，似与原书本义太不相干。如《论语》获罪于天，无所祷也，朱子注天即理也。孔子只说祷于天，没有说祷于理，朱子注语岂非大背原义。但此等处正见理学精神，实亦见北宋诸儒之精神。后来清儒拈出此等处，对朱子与宋儒大肆讥呵，只在训诂上争，却不在学术思想上分辨，未免为小而失大。
但《论语》注天即理也四字，也还未尽朱子说天之义。《中庸章句》有云：
天以阴阳五行化生万物，天即理也。
此条兼举理气言。若谓天以阴阳五行化生万物，故阴阳五行之化生即是天，此则仍有未尽。在阴阳五行化生之里面，尚犹有理，故又增上天即理也四字。但若谓天以理化生万物，此又误。因如此说来，又似天在理之上，则试问天又是何物。故朱子要极度推尊濂溪在太极之前加上无极二字，但说天即太极，究不如说天即理之遥为恰当。至于横渠《正蒙》，则朱子多取其讨论阴阳五行之化生处，而于其言太虚，言清虚一大，则只依二程，谓其下语未莹。此等处皆是极费斟酌而来，亦是极富创辟精神，后人看惯了反觉陈腐，那是后人不应该。朱子又说：
若论本原，则有理然后有气。若论禀赋，则有是气而后理随而具。
此处分别从宇宙与人生界来论理气先后，更为明晰。《中庸章句》亦云：
气以成形，理亦赋焉。
从宇宙界说，是理在气先。从人生界说，则又气在理先。朱子《论》、《孟》集注、《学》、《庸》章句皆由其一己思想之最后结论凝炼而来。一面当认取其深厚之传统性，一面当认取其精辟之创造性。二者合一，乃可见朱子思想之大全。也只因后人看惯了，故在此等处亦复不深加理会。
今再就朱子天即理之说，引述其又一创辟之见，此为探究理气论所必当注意者。朱子云：
理无情意，无计度，无造作，只此气凝聚处，理便在其中。
又曰：
理只是个净洁空阔底世界，无形迹。他却不会造作。气则能酝酿凝聚生物。
又说：
形而上者是理。才有作用，便是形而下者。
故又说：
气强理弱。理拗不转气。亦如气生形质，形质又强过了气，气又拗不转形质。
此一说似极奇特，亦极平实。今若说，天即是理，而理又是无情意、无计度，因亦不能有造作与作用，则天亦是无情意、无计度、无造作、无作用。如此则宇宙万物究从何来，此处朱子把来截断了，不再向上推。只说有此宇宙万物，则必见有理。苟不然，也不能有此宇宙万物。如此而止。故朱子又说，宇宙间万物也有限，并不能随时随意创造。如桃树必开桃花，结桃子，不能在桃树上开李花，结李子。理如此，天也无奈何。但也不是理在要如此，因理无情意，无计度，并亦无力要能如此。此说渊源，实乃自庄老道家之自然义。老子说：
天法道，道法自然。
道理二字，自理学家说来，本可无分别。然则此处乃是朱子会通了庄老道家之自然义而创出此说。濂溪《太极图说》，远则渊源于《易·系辞》，近则传授自陈传。《易经》与道家言，本属相通。朱子之宇宙论，既是渊源于濂溪之《太极图》，故亦兼通于易与道。但从此更当进一层分辨。道家主张乃是一本于自然，朱子理气论则认自然只是一道，故说有气则必有理。在宇宙形上界，理是无情意，无计度，无造作，无作用。但一落到人生形下界，人却可以凭此理来造作，理乃变成了有作用。人生界在气的圈子之内，自当有情意，有计度。只要此情意计度合乎理，则此理便会发生作用与造作。如是则又从庄老道家转回到孔孟儒家来。此一层，当待讲到朱子之心性论，才见有发挥，有着落。
在此，只可谓在宋代理学家思想中，实已包进了道家言，而加之以融化。周张二程皆如此，到朱子而益臻于圆通无碍。若仅就某一部分认为理学思想即是道家思想，则仍把握不到理学思想主要精神之所在。
以上约略说了朱子之理气论，以下再引述其心性论。